EVENTO
Implementação massivamente paralela do Programa de Atracamento Molecular DockThor com inclusão da Flexibilidade do Receptor
Tipo de evento: Seminário de Avaliação - Série A
A técnica de atracamento molecular receptor-ligante efetua uma busca no espaço conformacional do ligante, avaliada por uma função de energia, e também o valor da afinidade da ligação. Por sua vez, a triagem virtual utiliza do atracamento molecular na busca de candidadtos a fármacos em bibliotecas contendo milhares/milhões de compostos moleculares.O programa Dockthor (disponível em http://www.dockthor.lncc.br) utiliza uma metodologia baseada em grade, mantendo o receptor rígido, para a avaliação das interações intermoleculares das forças de Coulomb e van der Waals e um algoritmo genético de múltiplos mínimos para a busca conformacional. O programa Dockthor é capaz de obter ótimos resultados na predição da geometria de ligação do ligante e avanços na predição da afinidade receptor-ligabnte estão sendo realizados. Entretanto dois aspectos associados tanto à implementação do programa quanto à metodologia empregada constituem pontos chaves de serem melhorados no sentido de se obter um programa mais efetivo na predição do modo de ligação do ligante e em estudos de triagem virtual em larga escala. O primeiro está associado á velocidade de processamento do algoritmo que ainda encontra-se bastante distante dos melhores programas disponíveis na literatura e portanto limita a sua utilização em estudos de triagem virtual. O segundo é a inclusão da flexibilidade do receptor com relação aos graus de liberdade associados às cadeia laterais dos resíduos de aminoácidos de um receptor proteíco, o qual per si aumenta bastante custo computacional do algoritmo. Neste sentido, a otimização do código e posterior migração do mesmo para uma plataforma massivamente paralela do tipo GPU (Graphic Processing Unit) são necessidades preementes para viabilizar tanto uma maior acurácia na predição da pose quanto estudos de triagem virtual em larga escala.O objetivo desde trabalho é efetuar uma adaptação desde à estruturação de dados qua garanta mais desempenho em procedimentos paralelos, reescrita de funções que extraiam maior eficiência do dispositivo em questão. Juntamente com a implementação de um método de minimização da energia das cadeias laterias do receptor proteico que possa utilizar da programação paralela.Como resultados parciais temos uma reestruturação das estruturas de dados para se ter um acesso coalescente à memória nos dando no cálculo da grade de energia um speedup de 1,37 sobre um algoritmo já utilizando paralelismo. Um outro resultado, também na grade de energia, é um speedup de aproximadamente 9,5 quanto se utiliza do processamento em GPU. Esse paralelismo em GPU nos garante um speedup de 101,5 em comparação à versão sequencial do algoritmo de cálculo da grade. Uma variação do algoritmo genético assíncrono com crowding fenotípico está sendo implementado visando o paralelismo em GPU está sendo implementada.
Data Início: 04/10/2019 Hora: 14:00 Data Fim: 04/10/2019 Hora: 17:00
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Auditorio B
Aluno: Aaron Bruno Leão - LNCC -
Orientador: Douglas Adriano Augusto - - Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Participante Banca Examinadora: Carlos Mauricio Rabello de Sant'Anna - UFRRJ - UFRRJ Fabio Lima Custodio - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Renato Simões Silva - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Suplente Banca Examinadora: Helio José Corrêa Barbosa - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC/MCTI
