EVENTO
Execução Eficiente de Workflows Científicos de Bioinformática em Ambientes de Computação de Alto Desempenho
Tipo de evento: Exame de Qualificação
Ambientes de computação de alto desempenho oferecem suporte a uma ampla gama de experimentos em diversas disciplinas, especialmente na bioinformática, sendo assim de suma importância para a comunidade científica. Entretanto, a diversidade dessas demandas gera uma grande necessidade de recursos computacionais. Dessa forma, com a crescente complexidade dos experimentos em bioinformática, o uso de workflows científicos está se tornando cada vez mais comum. esses workflows podem ser altamente heterogêneos, com tarefas que possuem diferentes níveis de paralelismo e uma vasta gama de parâmetros, exigindo assim múltiplas execuções com configurações variadas. Além disso, podem ser executados com uma alocação fixa de recursos para todas as etapas, resultando em recursos ociosos. logo, a execução eficiente desses workflows em ambientes de computação de alto desempenho é complexa, exigindo estratégias para minimizar o desperdício de recursos e reduzir o tempo de execução. Portanto, este trabalho visa desenvolver e implementar uma solução eficiente para o gerenciamento e execução de workflows científicos de bioinformática em ambientes de computação de alto desempenho, com foco no supercomputador santos dumont. Para isso, pretende-se analisar o impacto de diferentes formas de sequenciamento de tarefas em workflows de bioinformática, modificando seu funcionamento para identificar a abordagem mais eficiente; estudar o agrupamento de tarefas para melhorar o desempenho por meio de técnicas de agrupamento e ajuste de ferramentas específicas de workflow para otimizar a alocação de recursos; e analisar formas alternativas de submissão de tarefas, modificando as ferramentas de workflow de forma a evitar longas esperas na fila de trabalho e minimizar a quantidade de recursos ociosos.Evento PresencialLocal: Auditório BLink de Transmissão: meet.google.com/ixe-sqey-zpd
Data Início: 09/09/2024 Hora: 10:00 Data Fim: 09/09/2024 Hora: 12:00
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Auditorio B
Aluno: Rafael de Souza Terra - - LNCC
Orientador: Carla Osthoff Ferreira de Barros - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Diego Moreira de Araújo Carvalho - - Kary Ann del Carmen Ocaña Gautherot - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Participante Banca Examinadora: José Karam Filho - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior - German Cancer Research Center - DKFZ Marcelo Trindade dos Santos - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Suplente Banca Examinadora: Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
