EVENTO
DockThor-MLSD: Implementação e Validação de Metodologia para Docking Simultâneo de Múltiplos Ligantes
Tipo de evento: Defesa de Dissertação de Mestrado
A modelagem molecular é um conjunto de técnicas que visam o desenvolvimento e a aplicação de métodos computacionais para construir modelos que reproduzam o comportamento de diversos tipos de moléculas, especialmente modelos que tentam reproduzir o processo de reconhecimento molecular receptor-ligante. O docking molecular é uma técnica de modelagem molecular que pode ser utilizada para agilizar os processos de desenvolvimento de um novo candidato a fármaco, permitindo entender como um ligante interage com um receptor. Porém, em sistemas biológicos reais, é comum que várias moléculas ligantes, cofatores, íons, metabólitos ou moléculas de água participem do reconhecimento molecular de maneira cooperativa. Dessa forma, fazer o acoplamento simultâneo de múltiplos ligantes (do inglês, Multiple Ligand Simultaneous Docking, ou simplesmente, MLSD) é crucial para obtenção de um modelo mais realista. O objetivo principal desse trabalho é desenvolver e adaptar o algoritmo genético de múltiplas soluções do programa DockThor, para o acoplamento simultâneo de múltiplos ligantes no sítio de ligação do receptor. Nesse sentido, foi desenvolvido o DockThor MLSD. Os resultados deste trabalho envolvem: (I) obtenção dos melhores conjuntos de parâmetros que aumentam a precisão do algoritmo, (II) validação do algoritmo por meio de testes de redocking, (III) implementação de uma versão do programa que automatiza diversas tarefas e oferece múltiplas estratégias para atender diferentes objetivos dos usuários, (IV) realização de experimentos envolvendo diversos sistemas multiligantes, e (V) resultados do algoritmo foram comparados com resultados obtidos por algoritmos descritos na literatura. Foram investigados 38 conjuntos receptor-ligante, sendo que, em mais de 20 destes, houve melhora nos valores de energias de predição das poses ou de RMSDs, quando comparados com o docking incremental de cada ligante individualmente, evidenciando possíveis efeitos sinérgicos e cooperativos entre ligantes. O programa ainda apresentou valores de RMSDs médios melhores do que os programas S4MPLE, AutoDock Vina e Moldina, os quais são programas da literatura que mais se destacam em acoplamento simultâneo de múltiplos ligantes.Evento HíbridoLocal: Auditório ALink da sala virtual: meet.google.com/foa-qvqq-ath
Data Início: 03/03/2026 Hora: 14:00 Data Fim: 03/03/2026 Hora: 17:00
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Auditorio A
Aluno: Taciano dos Passos Ferreira Pinheiro - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Orientador: Camila Silva de Magalhães - Universidade Federal do Rio de Janeiro - Polo Xerém - UFRJ Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Participante Banca Examinadora: Carlos Maurício Santanna - Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro - UFFRJ Fabio Lima Custodio - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Suplente Banca Examinadora: Ernesto Raul Caffarena - PROCC - FIOCRUZ/RJ Isabella Alvim Guedes - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
