EVENTO
Desenvolvimento de estratégias para a inclusão da flexibilidade molecular do receptor no programa de docking proteína-ligante DockThor
Tipo de evento: Defesa de Tese de Doutorado
O docking molecular é uma das ferramentas mais utilizadas no contexto do planejamento de fármacos auxiliado por computador (CADD, do inglês, Computer-Aided Drug Design). Apesar de apresentar bons resultados na predição de modos de ligação proteínaligante, a modelagem adequada da flexibilidade estrutural das proteínas ainda representa um dos principais desafios da área. A maioria dos programas clássicos de docking trata o receptor como uma entidade rígida ou apenas parcialmente flexível. Essa característica limita a descrição realista do reconhecimento molecular, uma vez que rearranjos conformacionais do receptor desempenham papel central na afinidade e na especificidade de ligação. Nesse contexto, o DockThor é um programa de docking proteínaligante baseado em grades de energia que, até o momento, considera o receptor como estruturalmente rígido. Diante desse cenário, esta tese busca incorporar explicitamente a flexibilidade estrutural do receptor ao programa DockThor. O trabalho inicia-se com uma avaliação sistemática do desempenho do DockThor em experimentos de docking não nativo utilizando o conjunto Astex Non-Native, estabelecendo uma linha de base para as análises subsequentes. Em seguida, são propostas e validadas duas classes de estratégias de flexibilização do receptor através da técnica de ensemble docking, integradas diretamente ao método de busca do programa. A primeira baseia-se em grades mistas, nas quais diferentes conformações do receptor são representadas por grades de energia combinadas algebricamente, permitindo a incorporação da flexibilidade com custo computacional reduzido. A segunda envolve múltiplas estruturas do receptor, que são modeladas individualmente em grades distintas, explorando diferentes estratégias de avaliação desse conjunto de grades pelo algoritmo genético. Todas as metodologias são avaliadas de forma consistente sobre o mesmo benchmark, possibilitando uma análise comparativa de seu impacto na acurácia, na robustez das predições e na aplicabilidade do DockThor em cenários realistas de metodologias CADD.Evento HíbridoLocal: Auditório ALink de transmissão: meet.google.com/nkd-fnpo-dbg
Data Início: 30/03/2026 Hora: 14:00 Data Fim: 30/03/2026 Hora: 17:00
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Auditorio A
Aluno: Ana Luiza Martins Karl - -
Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Participante Banca Examinadora: Marisa Fabiana Nicolas - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Mauricio Garcia de Souza Costa - Fundação Oswaldo Cruz - FIOCRUZ Paulo Augusto Netz - Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFRGS Pedro Geraldo Pascutti - Universidade Federal do Rio de Janeiro - IBCCF/UFRJ
Suplente Banca Examinadora: Antônio Tadeu Azevedo Gomes - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
