Os portais científicos do SINAPAD permitem a execução, via interface Web, de aplicações científicas diversas nos clusters dos centros que compõem o sistema nacional. Segue abaixo uma lista dos portais atualmente disponíveis no sistema. Outros portais estão sendo desenvolvidos e serão anunciados em breve!!!

Veja aqui uma demonstração de uso desses portais!!!

Os recursos computacionais aos quais esses portais dão acesso (veja aqui a lista de recursos atualmente acessíveis via portais) são geridos por um middleware de grade que permite aos usuários dos portais manter, de forma segura, os dados e metadados (p.ex. informações de proveniência) resultantes de seus experimentos efetuados por meio desses portais na própria infraestrutura computacional do sistema nacional.

Se você tem interesse em desenvolver um portal e integrá-lo ao SINAPAD, envie uma mensagem para sinapad-sup@lncc.br!!!

Portais Disponíveis


Portal BioInfo

A Rede Nacional de Bioinformática (RNBio) foi criada em Janeiro de 2014 como resultado de um Programa Estruturante do Ministério de Ciência e Tecnologia, Inovações e Telecomunicações (MCTIC) voltado para o fortalecimento das pesquisas envolvendo o uso da bioinformática no país. O núcleo fundador da RNBio é formado pelo LABINFO/LNCC, o LNBio/CNPEM e a UFMG, que atua estreitamente com os Centros Nacionais de Processamento de Alto Desempenho (CENAPAD) estruturados no sistema SINAPAD. Esses centros conseguiram aumentar a capacidade de execução de análises computacionais em muitas Instituições no Brasil. No cerne da RNBio, foi desenvolvido o Bioinfo-Portal, uma plataforma computacional multiusuária acoplada ao sistema SINAPAD que visa possibilitar o uso e execução de softwares e workflows de bioinformática de interesse para pesquisadores de diversas áreas.


Portal DockThor

O Portal DockThor, desenvolvido pelo grupo GMMSB/LNCC, é um servidor gratuito de atracamento molecular receptor-ligante idealizado para facilitar e disponibilizar o uso desta metodologia para a comunidade acadêmica. O programa implementado DockThor é um método baseado em grade que considera o ligante flexível e o receptor rígido, empregando um algoritmo genético de múltiplas soluções como método de busca e o campo de força MMFF94S como função de avaliação. As principais etapas de preparação do ligante e da proteína estão disponíveis no portal, sendo possível alterar os estados de protonação dos resíduos de aminoácidos e incluir cofatores (e.g. moléculas de água estruturais, metais, moléculas orgânicas) como entidades rígidas. O usuário também pode personalizar os principais parâmetros da grade de energia e do algoritmo genético. Os resultados do processo de atracamento molecular podem ser analisados, visualizados e classificadas automaticamente ainda no portal. Os parâmetros de análise também podem ser personalizados pelo usuário. O Portal DockThor utiliza as facilidades computacionais fornecidas pela plataforma de alto desempenho brasileira SINAPAD (Sistema Nacional de Alto Desempenho) e tem como parceiro o INCT-INOFAR.