Produção Técnico-Científica da Coordenação de Modelagem Computacional - COMOD em 2020


PRODUÇÃO CIENTÍFICA



ATIVIDADES CIENTÍFICAS

Desenvolvimento de Softwares:

de Vasconcelos, A. T. R. , Galheigo, M., Bastos, B. F., Gomes, A. T. A.; 'Bioinfo-Portal: The Scientific Gateway for Integrating Bioinformatics in the Brazilian High-Performance Computing Network'; Data Início: 01/01/2017

Total de Desenvolvimento de Softwares: 1


Outras Atividades:

Custodio, F. L.; ; Tipo Atividade: Desenvolvimento de Material Didático.'Tutorial para Predição de estruturas de Proteínas: Modelagem Comparativa e Ab initio.'; 01/01/2010

Custodio, F. L.; ; Tipo Atividade: Desenvolvimento de material didático.'Tutorial para prediçãi ab initio de estrutura de proteínas.'; 01/01/2008

Tanajura, C.A.S.; ; Tipo Atividade: Palestra'Palestra no IO/USP: Métodos de assimilação de dados oceanográficos e aplicações no Oceano Atlântico tropical'; 01/05/2006

Total de Outras Atividades: 3


ORIENTAÇÕES

Teses de Doutorado em Andamento:

Orientador(es): Silva, R. S. ; Orientado: Anderson Fernandes Pereira dos Santos; 'Desenvolvimento de Modelos de Desempemho Algebricos para Aplicacoes de Dinamica dos Fluidos Computacionais'; Data Início: 01/01/2003

Orientador(es): Galeão, A. C. N. R. ; Orientado: Flávio Pietrobon Costa; 'Acoplamento de Escoamentos em rede Superficial e Subsuperficial'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/03/2004

Orientador(es): Toledo, E. M. ; Orientado: Luciana Santos da Silva; 'Estudo de modelos para simulção de escoamentos com fronteira livre'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/03/2006

Orientador(es): Tanajura, C.A.S.; Orientado: Jean Felix de Oliveira; 'Um Método de Assimilação de Dados para Previsão oceanográfica ao Largo da Costa Sudeste do Brasil, utilizando o Modelo Oceânico HYCOM'; Data Início: 01/03/2004

Orientador(es): Silva, R. S. ; Orientado: Eduardo Henrique da Rocha Coppoli; 'O Método de Elementos Finitos Aplicado ao Eletromagnetismo e Considerações e Motivações do Uso de um Método Sem Malha (Meshless) para Problemas desta Natureza'; Data Início: 01/03/2004

Orientador(es): Tanajura, C.A.S., Dias, P. L. S., Goncalves, L. G.; Orientado: Claudia Adam Ramos; 'Desenvolvimento de Métodos de Assimilação de Dados de Umidade do Solo e Aplicações em Modelos Acoplados Atmosfera-Biosfera sobre o Semi-Árido do Nordeste do Brasil'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 03/04/2007

Orientador(es): Toledo, E. M. ; Orientado: Paulo César Ferreira; 'Análise mecânica não linear de tecidos cardiácos'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/03/2008

Orientador(es): Bevilacqua, L. , Galeão, A. C. N. R. ; Orientado: Simone de Almeida Delphim; 'Modelos Bio-Econômicos de Invasão Biológica'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 28/03/2007

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: Adílson Vicente Xavier; 'Desenvolvimento de Operadores de Movimento Local para Algoritmos Genéticos Aplicados à Predição ab initio de Estruturas de Proteínas'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/01/2008

Orientador(es): Custodio, F. L.; Orientado: Rocha, G. K.; 'Predição ab initio de estruturas de Proteínas utilizando aminoácidos miodificados'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 04/02/2012

Orientador(es): Custodio, F. L.; Orientado: Tavara, E. G. M.; 'Filtragem de decoys para predição de estruturas de proteínas'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro, PUC-Rio; Data Início: 03/02/2014

Orientador(es): Murad, M. A. ; Orientado: Lopes, T. V.; 'Simulação Numérica de Escoamentos Multifásicos em Shale Gas'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 31/01/2014

Orientador(es): Murad, M. A. ; Orientado: da Rocha, A. C.; 'Termodinâmica de Gases em Meios Porosos'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 31/01/2014

Orientador(es): Murad, M. A. ; Orientado: Barroso, J. S.; 'Simulação Numérica de Acoplamento Matriz/Fratura'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 31/01/2014

Orientador(es): Murad, M. A. ; Orientado: Pereira, P. A.; 'Modelagem Computacional Multiescala de Resrvatórios não Convencionais de Gases em Folhelhos'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 30/06/2013

Orientador(es): Murad, M. A. ; Orientado: Radtke, L. C.; 'Modelos Hidro-Geomecânicos para Simulação de Escoamentos Multifásicos no Pré-Sal'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 30/06/2011

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: Werdt, P. R. T.; 'Algoritmos Evolutivos Paralelos para Predição de Estruturas de Proteínas.'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 05/05/2014

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: dos Santos, K. B.; 'Docking Proteina-Proteina.'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 04/08/2014

Orientador(es): de Vasconcelos, A. T. R. , Ocaña, K. A. S. O., Arge, L. W. P.; Orientado: Martins, Y. C.; 'Predição de fatores causadores dos tipos de câncer infantil a partir de vias metabólicas'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 12/06/2017

Orientador(es): Loula, A. F. D., Borges, F.; Orientado: Belleza, M. P.; ' Algoritmos Criptográficos com p-ádicos (Provisório)'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/01/2018

Total de Teses de Doutorado em Andamento: 20


Dissertações de Mestrado em Andamento:

Orientador(es): Garcia, E. L. M. ; Orientado: Patricia Costa; 'Programacao Multithreading para Computação de Alto Desempemnho de Programas de Elementos Finitos'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/03/2006

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: Luíz Zacarias do Amaral; 'Utilização de Técnicas de Reconhecimentos de Padrões para a Previsão de Constantes de Inibição Recptor-Ligante'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/03/2009

Orientador(es): Almeida, R. C. ; Orientado: de Resende, A. C. M.; 'Modelagem e Simulação de Problemas de Crescimento Tumoral'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 31/01/2014

Orientador(es): Almeida, R. C. ; Orientado: da Rocha, H. L.; 'Modelagem Discreta do Crescimento Tumoral'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 31/01/2014

Orientador(es): Almeida, R. C. ; Orientado: Fabian, J. H. L.; 'Calibração e Validação de Modelos de Crescimento Tumoral.'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 31/01/2014

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: Pereira, F. S. S.; 'Funções empíricas de afinidade proteína-ligante para triagem virtual em larga escala.'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 09/03/2015

Orientador(es): Ocaña, K. A. S. O., de Oliveira, D. C. M.; Orientado: Thaylon Guedes; 'Workflows para ambientes HPC'; Universidade Federal Fluminense, UFF, Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 20/07/2016

Orientador(es): Nicolás, M. F., Ramos, P. I. P.; Orientado: Colpo, R. A.; 'Reconstrução metabólica autómatica e de precisão utilizando ferramenta de gap filling baseada em dados experimentais de crescimento celular e de essencialidade gênica'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/06/2016

Orientador(es): Nicolás, M. F.; Orientado: Barbosa, J. S. C.; 'Modelagem de redes regulatórias em isolados clinicos de bactérias patogênicas'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/06/2017

Total de Dissertações de Mestrado em Andamento: 9


Iniciação Científica:

Orientador(es): Ocaña, K. A. S. O.; Orientado: Joice Cristina Alves Gouveia Pedro ; 'Explorando Sistemas de Gerência de Workflows Científicos para Experimentos de Bioinformática em Ambientes HPC'; 01/01/2017

Orientador(es): Almeida, R. C. ; Orientado: Rodolfo Honorato de Mello Luz; 'Métodos Numéricos'; 01/08/2007

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: Karina Batista; 'CONSTRUÇÃO DE BIBLIOTECAS DE FRAGMENTOS PARA A PREDIÇÃO DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS'; 01/08/2007

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: Damásio Antônio Alves Ferreira; 'Desenvolvimento do Portal MHOLline: Sistema Computacional para Modelagem Comparativa em Genômica Estrutural'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; 01/09/2006

Orientador(es): Tanajura, C.A.S.; Orientado: Hans Castro Einsiedler; 'Construção de Análise Regional do Modelo Atmosférico WRF sobre o Nordeste do Brasil com o Método de Assimilação de Dados 3D-VAR'; Universidade Federal da Bahia, UFBA; 01/03/2006

Orientador(es): Tanajura, C.A.S.; Orientado: Jonatas Castro Einsiedler; 'Investigação da Previsibilidade de Tempo do Modelo Atmosférico WRF sobre o Nordeste do Brasil'; Universidade Federal da Bahia, UFBA; 01/03/2006

Total de Iniciação Científica: 6


Orientação ao Pós Doutorado:

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: Camila Silva de Magalhães; 'Desenho Racional de Novos Inibidores de Aspartil Proteases para o Tratamento da Malária: Desenvolvimento de Metodologias de “Docking” e Aplicações '; Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; 01/10/2009

Total de Orientação ao Pós Doutorado: 1



PRODUÇÃO TÉCNICA

DESENVOLVIMENTO DE SOFTWARES E SISTEMAS COMPUTACIONAIS

Softwares:

Murad, M. A. , Garcia, E. L. M. , Pereira, P. A., Lopes, T. V.; 'Multiscale Shale Gas Simulator - MSShaleGaS'; Data: 09/12/2016

Dardenne, L. E. , Guedes, I. A., da Silva, E. K., de Magalhães, C. S., Almeida, D. M., Barbosa, H. J. C.; 'Portal web DockThor'; www.dockthor.lncc.br; Data: 01/06/2013

Dardenne, L. E. , Custodio, F. L., Linden, M. G. V. D., Barbosa, H. J. C.; 'GAPF NMR - Genetic Algorithm for Protein Folding using RMN restraints'; Linux - C++; Programa para predição de eestruturas 3D de proteínas utilizndo dados experimentais de RMN; Linux; Data: 01/03/2007

Furtado, C. B., Goliatt, P. V. Z. C., Dardenne, L. E. ; 'LLDB - LASSBio Ligand Data Bank'; LINUX; Gerenciar o Banco de ligantes do LASSBio/Fac. Farmácia/UFRJ; WEB Restrito; Data: 01/01/2005

Total de Softwares: 4